சிவபெருமான் மற்றும் அம்மன் இருவருக்குமான கோவில்களில் முதன்மைச் சிறப்பு பெற்றது மீனாட்சி சுந்தரேசுவரர் கோவில். மதுரையில் மீனாட்சி பிறந்ததாகக் கருதப்படுவதால், மீனாட்சி சன்னிதானம் முதன்மையாக உள்ளது. அம்மனை வணங்கிய பின்பே சிவபெருமானை வணங்கும் மரபு கடைபிடிக்கப்படுகிறது. எனவே கோயிலுக்குச் செல்பவர்கள் கிழக்கு வீதியிலுள்ள அம்மன் சன்னிதி வழியாகச் செல்வது வழக்கம். இந்த ஆலயம் மீனாட்சி , சுந்தரேஸ்வரரை முதன்மை விகிரகங்களாகவும் கடம்ப மரத்தினை தலவிருட்ஷமாகவும் கொண்டுள்ளது. இக்கோயில் அம்மனுக்கான 64 சக்தி பீடங்களில் ஒன்றாகவும் விளங்குகிறது. கோயில் வரலாறு விருத்தாசுரன் என்ற அசுரனை வென்ற தேவேந்திரன், தனது பிரம்மகத்தி தோஷம் நீங்க பிராயச்சித்தம் செய்யும் பொருட்டு பூலோகத்திற்கு வந்தான். அப்போதைய பாண்டிய நாட்டின் கடம்ப வனத்திற்கு வந்தபோது தன் துன்பங்கள் நீங்கியதை உணர்ந்தான். உண்மையை அறியமுற்பட்ட போது, அங்குள்ள ஒரு கடம்ப மரத்தின் அடியில் உள்ள சிவலிங்கம்தான் தன் துன்பம் நீங்கியதற்குக் காரணம் என்பதை அறிந்தான். அதன் பக்கத்தில் ஒரு சிறு குளமும் இருந்தது குறிப்பிடத்தக்கது. அவன் சிவலிங்கத்தை வணங்கி அதற்கென ஒரு சிறிய கோவிலைக் கட்டினான். அந்த சிவலிங்கம் இன்னும் வழிபாட்டில் இருந்து வருகிறது. அதற்கு இந்திர விமானம் என்ற பெயர் கொண்டு மதுரை கோயிலில் இருந்துவருகிறது. ஒருமுறை மானவூரைச் சேர்ந்த தனஞ்செயன் என்ற வியாபாரி கடம்ப வனத்தின் வழியாகச் சென்ற போது, இரவு இந்திர விமானத்தில் தங்க நேர்ந்தது. காலையில் அவன் எழுந்து பார்த்தபோது சிவலிங்கத்தை வழிபட்டதற்குரிய அடையாளங்கள் தெரிந்தது. அதனை தேவர்களின் வேலையென நினைத்த வியாபாரி மன்னன் குலசேகரபாண்டியனிடம் சென்று கூறினான். அதற்கு ஏற்றார்போல் முதல் நாள் இரவே, சிவபெருமான் பாண்டியனின் கனவில் தோன்றி குறிப்பிட்ட இடத்தில் ஒரு கோயிலும், அதனை மையமாகக் கொண்டு ஒரு நகரத்தையும் நிர்மாணிக்குமாறு பணித்தார். குலசேகரனும் காட்டை அழித்து மதுரை மாநகரையும் இந்த சிவசக்தி தலத்தையும் அமைத்ததாகக் கருதப்படுகிறது. நான்மாடக்கூடல் மீனாட்சி அம்மன் கோவிலைச்சுற்றி நான்கு மாடங்கள் அமைத்துள்ளதால் நான்மாடக்கூடல் என்ற பெயரும் மதுரைக்கு உண்டு. மதுரையை அழிக்க வருணன் ஏவிய ஏழு மேகங்களையும் தடுக்கும் பொருட்டு சிவபெருமான் தன் சடையிலிருந்து விடுத்த நான்கு மேகங்களும் நான்கு மாடங்களாகக் கூடி மதுரையைக் காத்ததால் நான்மாடக்கூடல் என்ற பெயரும் மதுரைக்கு உண்டு என்கிறார்கள் சிலர். ஆலவாய் சிவபெருமானின் அணிகலன்களில் ஒன்றான பாம்பு வட்டமாக தன் வாலை வாயினால் கவ்விக் கொண்டு இத்தலத்தின் எல்லையைக் காட்டியதால் ஆலவாய் என்ற பெயர் இத்தலத்திற்கு ஏற்பட்டது என்று ஒரு வரலாறு கூறுகிறது. கோயிலின் அமைப்பு மதுரை மீனாட்சி சுந்தரேஷ்வரர் கோயில் 15 ஏக்கர் பரப்பளவில் அமைந்துள்ளது. கிழக்கு மேற்காக 847 அடியும், தெற்கு வடக்காக 792 அடியும் உடையது. இக்கோயில் எட்டு கோபுரங்களையும் இரண்டு விமானங்களையும் உடையது. இங்குள்ள கருவறை விமானங்கள், இந்திர விமானம் என்று அழைக்கப்படுகிறது. 32 சிங்கங்களும், 64 சிவகணங்களும், 8 வெள்ளை யானைகளும் இந்த கருவறை விமானங்களைத் தாங்குகின்றன. இக்கோவிலின் ஆடி வீதிகளில் நான்கு புறமும் ஒன்பது நிலைகளை உடைய நான்கு கோபுரங்கள் மிக உயர்ந்த நிலையில் இருக்கிறது. கிழக்குக் கோபுரம் கி.பி. 1216 முதல் 1238 ஆண்டுக்குள்ளும், மேற்குக் கோபுரம் கி.பி. 1323 ஆம் ஆண்டிலும், தெற்கு கோபுரம் கி.பி. 1559 ஆம் ஆண்டிலும், வடக்குக் கோபுரம் கி.பி. 1564 முதல் 1572 ஆம் ஆண்டிலும் கட்டப்பெற்று முடிக்கப் பெறாமல், பின்னர் 1878 ஆம் ஆண்டில் தேவகோட்டை நகரத்தார் சமுதாயத்தைச் சேர்ந்த வயிநாகரம் குடும்பத்தினரால் முடிக்கப்பட்டதாகவும் வரலாறு கூறுகிறது. இவற்றுள் தெற்குக் கோபுரம் மிக உயரமானதாகும். இதன் உயரம் 160 அடி ஆக இருக்கிறது. மற்றய வடக்கு, மேற்கு, கிழக்கு கோபுரங்கள் முறையே 160, 163, 161 அடி உயரம் என்பதும் குறிப்பிடதக்கது. வடக்குக் கோபுரத்தில் சுதைகள் குறைவு. எனவே மொட்டைக் கோபுரம் எனப்படுகிறது. கிழக்குக் கோபுரம் மிகப் பழமையானது. மீனாட்சி அம்மன் கோபுரம் காளத்தி முதலியாரால் கி.பி. 1570ல் கட்டப் பெற்று 1963 ஆம் ஆண்டில் சிவகங்கை அரசர் சண்முகத்தால் திருப்பணி செய்யப் பெற்றது. சுவாமி கோபுரம் கி.பி. 1570 ஆம் ஆண்டில் கட்டப் பெற்று திருமலைகுமரர் அறநிலையத்தால் திருப்பணி செய்யப் பெற்றது. இக்கோயிலுனுள் ஒரு ஏக்கர் பரப்பளவில் பொற்றாமரைக்குளம் அமைக்கப்பட்டுள்ளது.